Er begann, eine Kombination aus katholischer Ikonographie und einer philosophischen Sicht der Quantenmechanik zu erforschen und bezeichnete diese Periode selbst als Kernmystik. Das Sakrament des letzten Abendmahls, ein Ölgemälde auf Leinwand, das 1955 nach neunmonatiger Arbeit fertiggestellt wurde, war eines seiner ikonischsten religiösen Gemälde dieser Zeit, das auf Christus des Hl. Johannes vom Kreuz (1950) und Assumpta Corpuscularia Lapislazulina (1952) und später folgte Kreuzigung (1954).
Die imposante Leinwand zeigt Christus und die zwölf Apostel vielleicht in dem Moment, in dem er erklärt hat: „Einer von euch wird mich verraten“. Obwohl es sich nicht um eine historische Darstellung des Ereignisses, sondern um eine Darstellung der Eucharistie selbst handelt, verbergen die Apostel ihre Gesichter, ob Schock, Unglauben, Trauer oder Gebet, es ist schwer zu entscheiden, und ein großer Torso mit ausgestreckten Armen wölbt sich über der Szene. Die Lichtdurchlässigkeit der Christusfiguren und der obigen Figur deuten auf die Vereinigung von Gott und Mensch im Sakrament hin, während die Form des Raums an ein Gebäude aus dem Weltraumzeitalter erinnert, das mit seinen Fischerbooten am See Genezareth schwebt.
Der Bankier Chester Hale, der eine Vorabzusage für das Gemälde erhielt, kaufte es auf Anhieb und schenkte es im folgenden Jahr der National Gallery of Art in Washington, wo es sofort zum beliebtesten ausgestellten Werk wurde. Obwohl es von den Kritikern nicht geschätzt wurde, die seinen erneuerten Katholizismus als unaufrichtig und die daraus abgeleitete Kunst als nicht so kreativ wie seine früheren Werke empfanden, oder von der Galerie, die es in eine abgelegene Ecke verbannte, wurde das Gemälde geliebt von der amerikanischen Öffentlichkeit.
